2006年1月新世纪第一次全国科学技术大会召开。中共中央总书记胡锦涛强调，要发挥国家高新区的重要作用，增强科技创新对区域经济社会发展的支撑力度。随后，国务院发布《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》。

2006年1月23日经国务院批准，中关村科技园区率先启动“未上市高新技术企业进入证券公司代办股份转让系统”试点工作。

2006年5月26日科学技术部决定，科技部原火炬高技术产业开发中心、创新基金管理中心、中国技术市场管理促进中心合并重组为新的“科技部火炬高技术产业开发中心”。

2006年6月14日建设世界一流高科技园区试点工作正式启动。中关村、上海张江、深圳、西安、武汉、成都等6个国家高新区成为首批试点园区。

2006年8月科技部召开国家高新区所在城市市长座谈会，提出要以提高自主创新能力为核心，通过“二次创业”，着力推进“五个转变”：即从注重招商引资和优惠政策的外延式发展向主要依靠科技创新的内涵式发展转变；从注重硬环境建设向注重优化配置科技资源和提供优质服务的软环境转变；从产品以国内市场为主向大力开拓国际市场转变；从推动产业发展规模由小而分散向集中优势发展特色产业和主导产业转变；从逐步的、积累式改革向建立适应社会主义市场经济要求和高新技术产业发展规律的新体制新机制转变。